La Chiesa di San Michele sorse ad Anacapri per iniziativa di Madre Serafina di Dio, religiosa caprese già fondatrice del monastero delle Teresiane.

Il monastero fu ricavato da un conservatorio musicale. Dopo essere stato opportunamente riattivato, ospitò alla fine del Seicento un gruppo di monache legate a stretta clausura.

Durante l'occupazione inglese a Capri, da maggio 1806 a ottobre 1808, il governatore generale Hudson Lowe autorizzò l'utilizzo di alcuni locali come deposito di munizioni. Quando nel possesso dell'Isola subentrarono i francesi, il neo governatore Jean Thomas ordinò la soppressione degli ordini religiosi e dei monasteri: perciò le monache furono allontanate da Anacapri. Il monastero fu prima venduto all'Orfanotrofio militare, poi al conte tedesco Von Poppenheim. Nel 1880 fu espropriato e venduto a privati.

Ferdinando I di Borbone riscoprì durante il suo regno la Chiesa, la riaprì al culto e poi la donò nel 1817 alla Congrega laica dell'Immacolata Concezione.

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